Linee di ricerca

La ricostruzione dei pattern di diffusione di microrganismi resistenti agli antibiotici all’interno di ambienti ospedalieri e la caratterizzazione in tempo reale di “outbreak” nosocomiali. Tale caratterizzazione viene effettuata mediante sequenziamento “whole-genome” dei patogeni su piattaforme di “Next Generation Sequencing” (Illumina) e successive analisi bioinformatiche;

Lo sviluppo e messa a punto di “software”, “tool” bioinformatici e “pipeline” dedicate, punto cardine del lavoro del gruppo di ricerca. Tali supporti bioinformatici sono diretti al miglioramento della gestione dei bigdata ottenuti dal sequenziamento genomico e forniti dagli ospedali;

Sviluppo e messa a punto di protocolli basati su real-time PCR per l’identificazione ed il “typing” di patogeni nosocomiali, compresi ceppi appartenenti a specie per le quali non sono al momento disponibili protocolli rapidi di tipizzazione;

Studi di metagenomica volti a caratterizzare il ruolo delle comunità microbiche (batteriche e fungine) in specifiche patologie e a determinare la presenza di “signatures” caratterizzanti tali patologie.

Metodologie utilizzate

 

Principali collaborazioni

• IRCCS S. Matteo, Pavia - Prof. R. Bruno, Dott. Piero Marone
• Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo – Pavia
• ASST Papa Giovanni XXIII – Bergamo
• ASST Fatebenefratelli Sacco – Milano
• ASST Grande Ospedale Metropolitano Niguarda- Milano
• ASST Alessandro Manzoni – Lecco
• ASST San Gerardo – Monza
• Fondazione IRCCS Ca' Granda Ospedale Maggiore Policlinico – Milano
• Ospedale San Raffaele – Milano
• Università degli Studi di Pavia – Pavia