Piattaforma di Epidemiologia Genomica e Microbiologia sperimentale

Linee di ricerca
La ricostruzione dei pattern di diffusione di microrganismi resistenti agli antibiotici all’interno di ambienti ospedalieri e la caratterizzazione in tempo reale di “outbreak” nosocomiali. Tale caratterizzazione viene effettuata mediante sequenziamento “whole-genome” dei patogeni su piattaforme di “Next Generation Sequencing” (Illumina) e successive analisi bioinformatiche;
Lo sviluppo e messa a punto di “software”, “tool” bioinformatici e “pipeline” dedicate, punto cardine del lavoro del gruppo di ricerca. Tali supporti bioinformatici sono diretti al miglioramento della gestione dei bigdata ottenuti dal sequenziamento genomico e forniti dagli ospedali;
Sviluppo e messa a punto di protocolli basati su real-time PCR per l’identificazione ed il “typing” di patogeni nosocomiali, compresi ceppi appartenenti a specie per le quali non sono al momento disponibili protocolli rapidi di tipizzazione;
Studi di metagenomica volti a caratterizzare il ruolo delle comunità microbiche (batteriche e fungine) in specifiche patologie e a determinare la presenza di “signatures” caratterizzanti tali patologie.
Metodologie utilizzate
Principali collaborazioni
- IRCCS S. Matteo, Pavia - Prof. R. Bruno, Dott. Piero Marone
- Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo – Pavia
- ASST Papa Giovanni XXIII – Bergamo
- ASST Fatebenefratelli Sacco – Milano
- ASST Grande Ospedale Metropolitano Niguarda- Milano
- ASST Alessandro Manzoni – Lecco
- ASST San Gerardo – Monza
- Fondazione IRCCS Ca' Granda Ospedale Maggiore Policlinico – Milano
- Ospedale San Raffaele – Milano
- Università degli Studi di Pavia – Pavia