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Piattaforma di Epidemiologia Genomica e Microbiologia sperimentale  

Linee di ricerca

La ricostruzione dei pattern di diffusione di microrganismi resistenti agli antibiotici all’interno di ambienti ospedalieri e la caratterizzazione in tempo reale di “outbreak” nosocomiali. Tale caratterizzazione viene effettuata mediante sequenziamento “whole-genome” dei patogeni su piattaforme di “Next Generation Sequencing” (Illumina) e successive analisi bioinformatiche;

Lo sviluppo e messa a punto di “software”, “tool” bioinformatici e “pipeline” dedicate, punto cardine del lavoro del gruppo di ricerca. Tali supporti bioinformatici sono diretti al miglioramento della gestione dei bigdata ottenuti dal sequenziamento genomico e forniti dagli ospedali;

Sviluppo e messa a punto di protocolli basati su real-time PCR per l’identificazione ed il “typing” di patogeni nosocomiali, compresi ceppi appartenenti a specie per le quali non sono al momento disponibili protocolli rapidi di tipizzazione;

Studi di metagenomica volti a caratterizzare il ruolo delle comunità microbiche (batteriche e fungine) in specifiche patologie e a determinare la presenza di “signatures” caratterizzanti tali patologie.

Metodologie utilizzate

Metodologie di biologia molecolare volte alla produzione di ampliconi 16S o ITS per sequencing Illumina
Quantificazione in real time PCR del contenuto totale in DNA batterico o fungino
analisi bioinformatico-statistiche
Sviluppo di tool informatici in linguaggio Perl, Python, R e Bash
Analisi di dati NGS mediante tool pubblicati
Pipeline per la metagenomica (Mothur, QUIIME)

 

Principali collaborazioni

  • IRCCS S. Matteo, Pavia - Prof. R. Bruno, Dott. Piero Marone
  • Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo – Pavia
  • ASST Papa Giovanni XXIII – Bergamo
  • ASST Fatebenefratelli Sacco – Milano
  • ASST Grande Ospedale Metropolitano Niguarda- Milano
  • ASST Alessandro Manzoni – Lecco
  • ASST San Gerardo – Monza
  • Fondazione IRCCS Ca' Granda Ospedale Maggiore Policlinico – Milano
  • Ospedale San Raffaele – Milano
  • Università degli Studi di Pavia – Pavia
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